萬芳醫院牙科部於86年3月成立, 成立之初有專任主治醫師6名，兼任主治醫師14名，住院醫師6名，87年共有2700門診人次，93住院人次，現細分為家庭牙醫科、兒童牙科、牙周病科、口腔內科、齒顎矯正科、口腔顎顏面外科、顳顎節障礙、贋復牙科、牙髓病科、牙體復形科，平均每月門診人數約5500人、住院人數約25人。
    有鑒於門診人數持續增加,萬芳醫院牙科部於93年費時一個半月重新規劃整修，只為提供民眾一個更先進、專業、人性化的新診間，新的牙科診療區根據牙科部施永勳主任創見的「完全診間」概念設計，每個診間都有充足的設備，可以獨立完成每一個病人需要的所有治療；在需要更複雜精密的專科治療時，各次專科也可以就近互相支援，提供完善專業的服務，全面照顧病患口腔健康的需要。
    現在牙科部共有7個診區、29張治療椅，每個診區的治療椅全部配置「無痛洗牙機」，另外更引用「無痛磨牙機」，希望從硬體設施的進化，將牙科推至「不痛」的新紀元，現今也持續推廣「舒眠治療」，讓害怕看牙的病人，在安全淺眠狀態下，享受無痛、舒適的牙科治療，相信可以造福許多因為畏懼傳統印象中「看牙像殺豬？！」，而視牙科為畏途的民眾。
    值得驕傲的是，本院牙科部自行設計開發、全國最早的「兒童牙科視訊系統」，讓家長即使在候診區，也可透過視訊系統，全程看到自己孩子看診的過程；解決家長希望參與又怕干擾醫師治療的兩難！對於教學醫院的臨床教學，也提供了一套可以互切互磋的模式。

    本院牙科部也陸續引進兒童牙科行為管理臨床影像教學系統、牙髓病科顯微鏡治療臨床同步教學系統、牙科數位放射影像系統，並於108-109年陸續添購口腔掃描機、牙科電腦斷層CBCT，強化牙科診療設備，提升醫療醫療照護與教學品質。萬芳醫院牙科部以人性為出發點，以病人為中心，結合現代科技，精心設計的軟硬體設備，希望帶給大家更完善的服務！